Se cree que fue en el Cáucaso, donde surgió el kéfir de leche, dada la longevidad de los pueblos que tradicionalmente lo han consumido (Armenia, Azerbaiyán, Georgia, Kazajistán, Kirguizistán, Tayikistán, Turkmenistán y Uzbekistán). También se cree que el búlgaro de agua es una adaptación de muchos años del tradicional kéfir de leche procedente del Cáucaso, pero cultivado en agua con azúcares o jugos de frutas (fructosa natural).
Otros autores dicen que el origen de los gránulos del kéfir de agua es México. Bajo el nombre de Tibi, los gránulos originales viven en las nopaleras de Opuntia ssp alimentándose de las excreciones azucaradas (frutos) de estas cactáceas. En Oaxaca popularmente se les conoce como algas marinas o como granillo y son generalmente utilizados a nivel doméstico. Posteriormente se nombró Tíbicos a los gránulos de este cultivo.
El episcopado de México argumenta que en el continente americano fue Sor Teresa de Calcuta quien los trajo en una de sus visitas. La historia es más o menos ésta: La madre Teresa de Calcuta, siempre inquieta por el deseo de ayudar a curar las enfermedades de las personas que vivían en lugares apartados o que no contaban con los recursos para pagar los honorarios de un médico, llegó al Tíbet, donde se comunicó con los monjes y maestros de ese zona. Éstos le entregaron unos tíbicos, una clase de hongos, que tiene infinidad de propiedades curativas con la única condición de que no se comercializaran, es decir que se debían de regalarse.
Otras fuentes lo denominan hongos chinos y otras apuntan a Japón como su procedencia. También se hace referencia al Tíbet, de donde vendría la palabra tibicos.
Ya en la era moderna, a principios del siglo XX, el científico ruso Elie Metchnikoff intuyó los efectos positivos de los fermentos lácteos luego de suponer que la longevidad que alcanzaban ciertas poblaciones del este de Europa se debía a su elevado consumo de leche búlgara. A través de sus investigaciones demostró que este alimento era creado por bacterias capaces de convertir el azúcar de la leche (lactosa) en ácido láctico, y que a su vez esta sustancia hacía imposible el desarrollo en el intestino de microorganismos dañinos derivados de la descomposición de los alimentos.
